MZČR je ústředním orgánem státní správy na úseku zdravotní péče a ochrany veřejného zdraví. Je také ústředním orgánem státní správy pro zdravotní péči a ochranu veřejného zdraví, zdravotnickou vědeckovýzkumnou činnost, zacházení s návykovými látkami, přípravky, prekursory a pomocnými látkami. Dále pro vyhledávání, ochranu a využívání přírodních léčivých zdrojů, přírodních léčebných lázní a zdrojů přírodních minerálních vod.